细菌菌群、菌属、菌种、菌株等都是细菌分类的重要概念名词。

菌群：是由多种细菌混合组成的相对稳定的细菌群体，具有某些共同性状。

而我们健康科普中常提到的“菌群”是指人类微生物群系（Human microbiome），是某些微生物与宿主在长期的进化过程中形成共生关系，对生物体无害的一类细菌。如大肠菌群包括大肠杆菌、产气肠细菌及他们之间的过渡类型。

菌属：菌种的上一级分类，通常性状相近、亲缘关系密切的若干菌种组成一个菌属，如芽孢杆菌属、葡萄球菌属、乳杆菌属等。

菌种：是细菌最基本的分类单位，通常指表型特征相似、亲缘关系接近的一类细菌群体，与同属内其他种有着明显差异。

菌株：由一个独立分离的单细胞系培养而成的纯遗传型群体及其一切后代，一种微生物的每一个不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。